| Nombre | Guerrero Flores Shaday |
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| Curso | Temas selectos de análisis numérico y computación científica II - 3 hrs/sem |
| Tema | Bioinformática y análisis de datos metagenómicos |
| Objetivo | 1. Fundamentos de Bioinformática y Algoritmos Biológicos: a. Comprender los principios básicos de la bioinformática y aprender algoritmos clave para el análisis de datos biológicos. b. Desarrollar habilidades para utilizar bases de datos especializadas y herramientas de software en bioinformática y metagenómica. 2. Técnicas Avanzadas en Metagenómica: a. Aprender técnicas de metagenómica, desde el control de calidad y mejora de muestras hasta el ensamblaje y binning de metagenomas. 3. Clasificación y Análisis Taxonómico: a. Adquirir habilidades para realizar asignaciones taxonómicas y análisis filogenéticos de secuencias. 4.Bioinformática con R y Buenas Prácticas: a. Utilizar R para el análisis de datos metagenómicos y adoptar buenas prácticas en bioinformática para asegurar la precisión y reproducibilidad de los resultados. 5. Herramientas y Proyectos de Colaboración: Familiarizarse con herramientas colaborativas como GitHub y Docker, y aprender a gestionar proyectos bioinformáticos. |
| Temario | 1. Introducción a la bioinformática a. Introducción y algoritmos biológicos. b. Bases de datos y paquetes de análisis. c. Redes de información y estructura de proteínas. d. Análisis de secuencias. e. Árboles y metadatos. f. Primeros pasos en lenguaje Bash. g. Importancia del trabajo en paralelo (funcion Screen). 2. Metagenómica a. Organizacion de proyectos en metagenómica. b. Control de calidad de las muestras. c. Mejorará la calidad. d. Ensamblado de metagenómicas. e. Binning de metagenoimas. f. Asignación taxonómica. 3. Analisis de datos con R a. Diversidad microbiana con R. b. Analisis taxonómicos. 4. Buenas practicas en la bioinformatica. a. Introducción a GitHub. b. Introducción a Docker. d. Crear un contenedor Docker d. Paquetes Conda. Proyectos con datos metagenomicos |
| Bibliografía | https://carpentries-lab.github.io/metagenomics-shell/ https://carpentries-lab.github.io/metagenomics-analysis/ |
| Requisitos | Llevar computadora. |
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| Registro | 2023-11-18 |